在COVID-19大流行期间，基因组监测对帮助我们了解SARS-CoV-2病毒的演变和传播至关重要。现在，一个国际研究小组呼吁利用其潜力来应对抗菌素耐药性(AMR)，这是一项重大的全球挑战，最终可能导致比冠状病毒大流行更多的死亡。

　　抗菌素耐药性已经在全球范围内造成大量疾病和死亡，2019年造成约127万人死亡。一些估计表明，到2050年，它每年可能导致多达1000万人死亡。

　　剑桥大学的沙伦·皮科克教授是英国首创的COVID-19基因组学英国联盟的推动者，她说:“在过去的一个世纪里，抗生素改变了我们治疗感染和疾病以及降低死亡率的能力。但细菌的耐药性越来越强，而且由于新抗生素的研发渠道有限，我们有可能回到抗生素出现之前的时代，无法再治疗感染。

　　“当世界遭受COVID-19大流行的袭击时，我们展示了基因组监测工具在帮助我们反击方面的强大作用。这项工作源于它越来越多地应用于现实世界的问题，如检测医院和社区的疫情，包括食源性疫情。我们现在需要吸取我们从大流行中吸取的教训，包括大胆和大规模使用，并将其重新应用于抗生素耐药性这一复杂问题。”

　　基因组“写”在DNA或RNA中，由一串核苷酸组成。每次复制基因组时，错误就会出现——例如，DNA的a、C、G和T核苷酸中的一个可能会被交换。这些变化使科学家能够创建谱系——家谱——来显示基因组是如何进化和传播的。就SARS-CoV-2而言，它们使科学家能够识别感染源，发现所谓的“关注变体”，并查看封锁、旅行限制和疫苗接种等公共卫生措施是否有效。

　　改善AMR病原体监测的潜力甚至可能高于SARS-CoV-2，因为基因组数据可以检测和跟踪疫情，为有效的抗生素治疗提供预测，揭示包括突变和获得新DNA在内的耐药机制，并有助于了解细菌之间的耐药机制运动。

　　尽管对抗菌素耐药性细菌的监测已经在一些环境中使用，但越来越多的证据表明其潜力在很大程度上没有转化为常规使用。一个工作组在《柳叶刀微生物》杂志上发表文章，阐述了如何将基因组监测更广泛地应用于抗菌素耐药性问题，包括需要克服的障碍，提出了一系列建议，包括能力建设、对现有和新的工作人员进行培训、使监测检测抗菌素耐药性的方式标准化，以及就公平的数据共享和治理达成一致。

　　该小组由Peacock教授与Wellcome SEDRIC(耐药感染监测和流行病学联盟)联合发起，由Kate Baker教授和Elita Jauneikaite博士共同领导的近100名专家组成的小组提供服务。五篇论文将在同一版杂志上发表，突出了该团队所进行的审查和分析的广度。

　　该系列涵盖了基因组抗菌素耐药性监测应用的多个领域，包括在医院环境中，以帮助确定疫情，为感染预防和控制提供信息，并为患者层面的临床决策提供信息。它们还强调了在公共卫生一级的应用，以发现新出现的威胁并设计和评估疫苗接种等适当干预措施。

　　有可能追踪在人类、动物和环境之间传播的抗菌素耐药性病原体。该小组还考虑了AMR基因组监测的未来创新，研究了基因组技术和分析方法的下一阶段如何进一步改变监测前景。

　　然而，首先需要克服一些障碍。这些问题包括缺乏资源和政治意愿，以及需要更多的培训，特别是在生物信息学(基因组数据分析)方面。还有一些实际障碍，包括在许多国家流行病学监测和微生物学基础设施薄弱，供应链和定价结构不佳，以及围绕有效合作和数据共享的问题。

　　剑桥大学的凯特·贝克教授说:“我们正处于实现基因组学在解决抗菌素耐药性方面的全部潜力的尖端，但仍有很多工作需要做。我们需要科学界、公共卫生界和政界共同努力实现这一目标。抗菌素耐药性是一个紧迫的问题。这不是几年后才会发生的事情——现在就在发生。”

　　伦敦帝国理工学院的Elita Jauneikaite博士指出:“我们将无限期地陷入与细菌病原体的军备竞赛中。基因组监测为帮助我们反击提供了真正的希望，为限制抗生素耐药性的传播和影响提供了宝贵的信息。”

　　皮科克教授补充说:“从大流行中可以清楚地看出，测序是世界上每个国家都需要的重要工具。抗菌素耐药性是一个全球性问题，我们需要再次确保世界各国都能够为基因组监测数据做出贡献，并从中受益。”

　　惠康抗菌素耐药性研究主管兼SEDRIC董事会成员Janet Midega指出:“基因组研究和监测对于发现病原体和了解高收入和低收入环境中的耐药性传播和趋势至关重要。为了对这些数据作出有效反应，我们需要确保正在开发的工具可供世界各地的公共卫生机构使用。”

　　更多信息:Baker, K, et al。利用基因组学进行抗菌素耐药性监测，《柳叶刀微生物》(2023年)。DOI: 10.1016/S2666-5247(23)00281-1期刊信息:The Lancet Microbe

　　剑桥大学提供

　　引用研究:新冠病毒感染

　　基因组监测的重要性，现在需要抗击抗菌素耐药性(2023,11月14日)，2023年11月14日从https://medicalxpress.com/news/2023-11-covid-im检索

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